Sein Operndebüt gab Mikołaj Bońkowski als Barolo in Mozarts LE NOZZE DI FIGARO an der Opera Wrocławska und sang anschließend in Hochschulproduktionen sowie u. a. die Titelrolle in Mozarts DON GIOVANNI, Infernus in Rafał Augustyns DESCENDUS CHRISTI AD INFERNUM, Charly in Szymanowskis LOTERIA NA MĘŻÓW, CZYLI NARZECZONY NR. 69 (DIE LOTTERIE DER EHEMÄNNER ODER – DER VERLOBTE NR. 69) oder Stranger im Multimedia-Spektakel SYNAGOGA – 22 EDITH STEIN in der Kathedrale Św. Michała Archanioła. Außerdem war er regelmäßig zu Gast beim Internationalen Moniuszko Festival, wo er in den Partien des Krzetyna in IDEAŁ CZYLI NOWA PRECJOZA (DAS IDEAL ODER DIE NEUE PRESZIOSE), Loro in KARMANIOL zu erleben war sowie mehrfach als Michał in NOWY DON KISZOT (DER NEUE DON QUICHOTE), mit dem er auch an der Warszawska Opera Kameralna gastierte.
Ferner verband ihn eine intensive Zusammenarbeit mit dem spartenübergreifenden Theater-Kollektiv Song of the Goat Theatre, wo er als Chiron in ANDRONICUS – SYNEKDOCHA, als Horatio in HAMLET, THE COMMENTARY, Edmund in SONGS OF LEAR, Chorus-Leader in ANTY-GONE TRYPTYK und Talthybios in WARRIOR an der Tapiola Hall (Finnland), dem Shakespeare’s Globe London, dem Shakespeare’s Festival Hamletscenen Helsignør (Dänemark), dem Israel Festival Jerusalem, dem FITS Festival Sibiu (Rumänien), beim TheATRIUM Festivalis Klaipėda (Litauen), dem VéNégy Fesztivál és Szinházy Találkozó (Ungarn), dem Beijing Tianqiao Performing Arts Center, dem Great Theater of China Shanghai und dem Shanghai Oriental Arts Center (China), beim Shakespeare’s Theater Gdańsk und dem CETA Piekarnia Performing Center Wrocław sowie an der Zellerbach Hall Berkeley (USA) zu erleben war.
Zu seinem Konzertrepertoire gehören u. a. Bachs „Weihnachtsoratorium“, Händels „Messiah“, Beethovens Messe in C-Dur und Żebrowskis „Magnificat“, Dvořáks „Biblische Lieder“, Schostakowitschs „Spanische Lieder“ sowie zahlreiche Werke deutscher, polnischer und russischer Komponisten wie Brahms, Schubert, Schumann, Wolf, Loewe, Moniuszko, Penderecki, Szymanowski, Mussorgski oder Rachmaninow.
Der Sänger hatte das Vergnügen, mit Dirigent*innen und Regisseur*innen wie u. a. Arnaud Bernard, Grzegorz Bral, Giuseppe Finzi, Valerio Galli, Krzysztof Garstka, Andreas Hotz, Philipp Kochheim, Natalia Kozłowska. Matthias Oldag, Jakob Peters-Messer oder Thaddeus Strassberger zusammenzuarbeiten.
Zu Mikołaj Bońkowskis Wettbewerbserfolgen zählen u. a. der „Engagements-Preis der Semperoper Dresden“ beim Internationalen Hans Gabor Belvedere Gesangswettbewerb. 2023 brachte er seine erste Solo-CD heraus: „Sieben Gesänge“ – Gerhart Hauptmann Gedichte in der Vertonung von Robert Kahn.
Seit der Spielzeit 2024/2025 gehört Mikołaj Bońkowski dem Musiktheater-Ensemble des Schleswig-Holsteinischen Landestheaters an.